Eccellenza T.O.R. – Dipartimento di Medicina Sperimentale

link al sito www.centrotor.uniroma2.it

TITOLO: Torvergata Oncoscience Research (TOR)

CAMPO D’AZIONE:

Public Engagement (g) + Sperimentazione Clinica e Tutele della Salute (e) + Open Science (i)

A. ISTITUZIONE:

Universita’ di Roma Tor Vergata

B. DIPARTIMENTO o DIPARTIMENTI DI RIFERIMENTO:
Dipartimento di MEDICINA SPERIMENTALE

C. EVENTUALI AREE SCIENTIFICHE DI RIFERIMENTO DEL CASO STUDIO:

Oncologia Precisione, Editoria scientifica

D. PERSONALE ACCADEMICO DI RIFERIMENTO: G. Melino, M. Piacentini, G. Tisone, G. Novelli, E. Candi, M. Agostini, F. Bernassola, S. Grelli, N. Rosato, I. Amelio, A. Mauriello

E. PAROLE CHIAVE:

Giornali Scientifici, Oncologia, Medicina Precisione, Conferenze Scientifiche, Biochimica, Mutazioni, p53

F. DESCRIZIONE DETTAGLIATA DEL CASO STUDIO

Fondato nel 2018 con la costituzione del nuovo Dipartimento di Medicina Sperimentale, come CENTRO DI ECCELLENZA INTERDIPARTIMENTALE con aspirazioni internazionali di lunga durata, ha coinvolto risorse umane selettive di 4 dipartimenti universitari collegate a forti realtà dell’area Romana (3 IRCCS) ed internazionale per lo sviluppo della ricerca di base e traslazionale nell’ ONCOLOGIA DI PRECISIONE.

Il Direttore è il prof G. Melino.

Il vice-Direttore è il prof M. Piacentini.

MISSIONE & SCOPO: Il TOR ha i seguenti scopi:

Coordinare le forzenell’Università di Roma Tor Vergata per sviluppare la ricerca di base e traslazionale in Oncologia di Precisione.

Creare una piattaforma tecnologica e sperimentale di Oncologia sperimentale.

Disseminare i risultati e le informazioni scientifiche attraverso congressi, convegni, editoria scientifica.

Sviluppare l’addestramentodella futura generazione di scienziati attraverso Master, Dottorato, post-doc.

Favorire reti internazionali di traslazione clinica, trasferimento tecnologico.

SCIENTIFIC ADVISORY BOARD: (SAB) Il TOR ha sede centrale nel Dipartimento di Medicina Sperimentale (Prof G. Melino, E. Candi, N. Rosato, A. Mauriello, F. Bernassola, M. Agostini, I. Amelio, S. Grelli) ma coinvolge il Dipartimento di Biologia (M. Piacentini), il Dipartimento di Chirurgia (G. Tisone) e il Dipartimento di Biomedicina e Prevenzione (G. Novelli). Il TOR e’ guidato dal SAB costituito da:

Aaron CIECHANOVER, Nobel Prize for Chemistry 2004 for the discovery of the of ubiquitin-mediated protein degradation, Albert Lasker Award for Basic Medical Research in 2000. He works at theTechnion – Israel Institute of Technology in Haifa. President of SAB.

Tak Wah MAK, awarded the Emil von Behring Prize in 1988 and the Paul Ehrlich and Ludwig Darmstaedter Prize in 2004 for the discovery of the T-cell receptor. Elucidated the function of CTLA-4, paving the road for Immunotherapy and Checkpoint inhibition as potential anti-cancer therapies; and recently developed drugs modulating cancer metabolism. Works at Univ Toronto, Canada.

Yufang SHI, Dean, Medical School, Kunming University of Science and Technology; Director, Institutes for Translational Medicine of Soochow University; Vice President, The First Affiliated Hospital of Soochow University; Professor, Rutgers Cancer Institute of New Jersey, USA. Expert on Activation-Induced Cell Death in T-cells and on immune regulation and on MSCs and tumor microenvironment. Works primarily in Soochow and Shanghai, China. Secretary of SAB.

G. DESCRIZIONE DETTAGLIATA DELL’IMPATTO NEL PERIODO 2015 – 2019

ATTIVITA’ EDITORIALE SCIENTIFICA: Il TOR è sede centrale dei seguenti giornali scientifici:

Cell Death Differentiation, www.nature.com/cdd, impact factor 10.5

Cell Death Disease, www.nature.com/cddis, impact factor 6.1

Cell Death Discovery, www.nature.com/cddiscov, impact factor 4.2

ATTIVITA’ CONFERENZE SCIENTIFICHE: Il TOR ha organizzato i seguenti convegni scientifici (vengono riportati solo quelli 2018-19):

CDDConference 2018 Cambridge, UK on “Genes vs Environment in Cancer”. Speakers included Tak Mak (Toronto), Karen Vousden (London), ScoK Lowe (New York), Doug Green (Memphis), Bachir Al Affar (Montreal), Maria Soengas (Madrid), Pascal Meier (London), Charlie Swanton (London).

CDDConference 2018 Shanghai, China on the topic “Cell Death & StemCells”. Speaker’s list included Tak Mak (Toronto), Hans-Uwe SImon (Bern), Weidong Han (Beijing), Yongguang Yang (Jilin), Songtao Shi (Philadelphia), Antonio Uccelli (Genoa), Guoping Fan (Los Angeles), Yufang Shi (Soochow).

Symposium “Reproducibility in Biomedical Research”, 22-05-2018, Accademia Lincei, Rome.

Symposium “The Scientfic Research in Italy”, 25-06-2018 in Rome Tor Vergata, hosting Annette Schavan (former German Minister Education-Research), Pierluigi Nicotera (Director DZNE), Alison Abbot (Editor Nature).

CDDConference 2019 Cambridge, UK on “Cancer, Immunity & Inflamma<on”. Speakers included the NobelLaurate Greg Winter (Cambridge), M Karin (San Diego), J Chipuk (NY), VM Dixit (San Francisco), C Prives (New York), P Vandenabeele (Gent), Ying Wang (Shanghai), X Wang (Beijing).

CDDConference 2019 Wuxi, China on “New Drug Discovery”. Speaker’s list included Michel Sadelain (NY), WillemFibbe (Leiden), Guoping Fan (Los Angeles), Tak Mak (Toronto), Naoto Hirano (Toronto), Francesco Dazzi (London), Ruibao Ren (Shanghai), Yufang Shi (Soochow)

CDDRetreat 2018 in Capri, Italy. Speaker’s list included the Nobel Laureate Aaron Ciechanover (Haifa), Tak W Mak (Toronto), Carlo Croce (Columbus, US), Ashok Venkitaraman (Cambridge), Xin Lu (Oxford), Jerry Chipuk (NY), Doug Green (Memphis), Michal Karin (San Diego), Yufang Shi (Shanghai).

Symposium “Scientific Integrity in Academic Research”, 27-03-2019 Rome Tor Vergata, hosting Walter Ricciardi (ISS), Ernesto Carafoli (Lincei), Paola Balducci (Magistrate Superior Council),Gennaro Ciliberto (FiSV).

Symposium “Genes vs Environment” 23-09-2019 Rome Tor Vergata, Villa Mondragone, hosting Bruce Beutler (Nobel Laureate 2011), Michele Carbone (Honolulu), Erino Rendina (Rome), Francesco Facciolo (Rome).

ATTIVITA’ ADDESTRAMENTO SCIENTIFICO: Il TOR è sede centrale dei seguenti corsi:

Dottorato Ricerca in Biochimica e Biologia Molecolare, coordinatore E. Candi

Master in Nutrizione e Cosmesi, coordinatore E. Candi

ATTIVITA’ CONVENZIONI COLLABORAZIONE SCIENTIFICA ROMA: Il TOR ha stipulato ed attivato le seguenti convenzioni dei collaborazione scientifica:

Istituto Dermopatico Immacolata, IDI-IRCCS, Ospedale ed Istituto Dermatologia. Prof Gianni Russo.

Istituto Regina Elena, IRE-IRCCS, Ospedale Nazionale del Cancro. Prof Gennaro CIliberto.

Istituto Nazionale Malattie Infettive Spallanzani, INMI-IRCCS, Malattie Infettive. Prof Giuseppe Ippolito.

Ospedale San Carlo Nancy, Urologia e Chirurgia Urologica. Prof Pierluigi Bove.

ATTIVITA’ CONVENZIONI COLLABORAZIONE SCIENTIFICA INTERNAZIONALI: Il TOR ha stipulato ed attivato le seguenti convenzioni dei collaborazione scientifica internazionali:

Indivumed GmbH(https://www.indivumed.com), fondata nel 2002 con oltre 100 milioni di risorse, dedicata all’Oncologia di Precisione in una rete internazionale di 18 nazioni, di cui il TOR è l’hub Italiano.

Onconetics Pharmaceuticals Inc. (www.onconetics.com), San Francisco California USA, fondata nel 2016 ha stabilito una convenzione col TOR ed aperto un laboratorio all’interno del TOR.

Oncology Alliance for Individualized Medicine (Onco AI-Med), fondata a Gennaio 2020 attraverso una rete di collaborazione tra Georgetown University, Washington DC (sede centrale), Oxford University, altri centri di ricerca oncologici in Korea, Germania, Spagna, Irlanda, Brasile, Singapore, Svezia ed il TOR come unico hub Italiano per lo sviluppo e scambio di ricerca in Oncologia di Precisione.

H. EVENTUALI INDICATORI ATTESTANTI L’IMPATTO DESCRITTO

Indicatori di successo sono:

-1- Elevato numero di pubblicazioni scientifiche del TOR (vedi sezione I-b)

-2- Elevate citazioni ed H-index dopo-2015 dei principali componenti del TOR:

Melino: citazioni-2015=25732, h-index-2015=65

Piacentini: citazioni-2015=20157, h-index-2015=45

Novelli: citazioni-2015=8408, h-index-2015=43

Candi: citazioni-2015=11349, h-index-2015=35

Agostini: citazioni-2015=3119, h-index-2015=30

Amelio: citazioni-2015=7857, h-index-2015=25

-3- Elevato numero di convegni e congressi scientifici del TOR (vedi sezione G)

-4- Elevato impact factor delle riviste prodotte dal TOR (vedi sezione G)

-5- Numero e qualità delle collaborazioni locali ed internazionali prodotte dal TOR (vedi sezione G)

I. EVENTUALI PUBBLICAZIONI DI RIFERIMENTO DEL CASO STUDIO

a) principali pubblicazioni scientifiche di riferimento a livello nazionale/internazionale:

ICGC/TCGA Pan-Cancer Analysis of Whole Genomes Consortium. Pan-cancer analysis of whole genomes.
Nature. 2020;578(7793):82–93. doi:10.1038/s41586-020-1969-6

Bailey MH, Tokheim C, Porta-Pardo E, et al. Comprehensive Characterization of Cancer Driver Genes and Mutations.
Cell. 2018;174(4):1034–1035. doi:10.1016/j.cell.2018.07.034

Liu J, Lichtenberg T, Hoadley KA, et al. An Integrated TCGA Pan-Cancer Clinical Data Resource to Drive High-Quality Survival Outcome Analytics. Cell. 2018;173(2):400–416.e11. doi:10.1016/j.cell.2018.02.052

Chen H, Li C, Peng X, et al. A Pan-Cancer Analysis of Enhancer Expression in Nearly 9000 Patient Samples.
Cell. 2018;173(2):386–399.e12. doi:10.1016/j.cell.2018.03.027

Bailey MH, Tokheim C, Porta-Pardo E, et al. Comprehensive Characterization of Cancer Driver Genes and Mutations.
Cell. 2018;173(2):371–385.e18. doi:10.1016/j.cell.2018.02.060

Huang KL, Mashl RJ, Wu Y, et al. Pathogenic Germline Variants in 10,389 Adult Cancers.
Cell. 2018;173(2):355–370.e14. doi:10.1016/j.cell.2018.03.039

Malta TM, Sokolov A, Gentles AJ, et al. Machine Learning Identifies Stemness Features Associated with Oncogenic Dedifferentiation. Cell. 2018;173(2):338–354.e15. doi:10.1016/j.cell.2018.03.034

Sanchez-Vega F, Mina M, Armenia J, et al. Oncogenic Signaling Pathways in The Cancer Genome Atlas.
Cell. 2018;173(2):321–337.e10. doi:10.1016/j.cell.2018.03.035

Ding L, Bailey MH, Porta-Pardo E, et al. Perspective on Oncogenic Processes at the End of the Beginning of Cancer Genomics.
Cell. 2018;173(2):305–320.e10. doi:10.1016/j.cell.2018.03.033

Hoadley KA, Yau C, Hinoue T, et al. Cell-of-Origin Patterns Dominate the Molecular Classification of 10,000 Tumors from 33 Types of Cancer. Cell. 2018;173(2):291–304.e6. doi:10.1016/j.cell.2018.03.022

Kahles A, Lehmann KV, Toussaint NC, et al. Comprehensive Analysis of Alternative Splicing Across Tumors from 8,705 Patients. Cancer Cell. 2018;34(2):211–224.e6. doi:10.1016/j.ccell.2018.07.001

Berger AC, Korkut A, Kanchi RS, et al. A Comprehensive Pan-Cancer Molecular Study of Gynecologic and Breast Cancers.
Cancer Cell. 2018;33(4):690–705.e9. doi:10.1016/j.ccell.2018.03.014

b) principali pubblicazioni scientifiche dell’Istituzione o del Dipartimento/i coinvolti:

Shi Y, Wang Y, Shao C, et al. COVID-19 infection: the perspectives on immune responses [published online, 2020 Mar 23].
Cell Death Differ. 2020;10.1038/s41418-020-0530-3. doi:10.1038/s41418-020-0530-3

Panatta E, et al. Long non-coding RNA uc.291 controls epithelial differentiation by interfering with the ACTL6A/BAF complex. EMBO Rep. 2020;21(3):e46734. doi:10.15252/embr.201846734

du Pré MF, Blazevski J, et al. B cell tolerance and antibody production to the celiac disease autoantigen transglutaminase 2.
J Exp Med. 2020;217(2):e20190860.

Di Rienzo M, Romagnoli A, Antonioli M, Piacentini M, Fimia GM. TRIM proteins in autophagy: selective sensors in cell damage and innate immune responses. Cell Death Differ. 2020;27(3):887–902.

Bernassola F, Chillemi G, Melino G. HECT-Type E3 Ubiquitin Ligases in Cancer. Trends Biochem Sci. 2019;44(12):1057–1075.

Bufalieri F, Infante P, Bernardi F, et al. ERAP1 promotes Hedgehog-dependent tumorigenesis by controlling USP47-mediated degradation of βTrCP. Nature Commun. 2019;10(1):3304.

Fedorova O, Petukhov A, Daks A, et al. Orphan receptor NR4A3 is a novel target of p53 that contributes to apoptosis.
Oncogene. 2019;38(12):2108–2122.

Paoletti A, Allouch A, Caillet M, et al. HIV-1 Envelope Overcomes NLRP3-Mediated Inhibition of F-Actin Polymerization for Viral Entry. Cell Rep. 2019;28(13):3381–3394.e7.

Amelio I, Mancini M, Petrova V, et al. p53 mutants cooperate with HIF-1 in transcriptional regulation of extracellular matrix components to promote tumor progression. Proc Natl Acad Sci U S A. 2018;115(46):E10869–E10878.

Smirnov A, Lena AM, Cappello A, et al. ZNF185 is a p63 target gene critical for epidermal differentiation and squamous cell carcinoma development. Oncogene. 2019;38(10):1625–1638.

Di Rienzo M, Piacentini M, Fimia GM. A TRIM32-AMBRA1-ULK1 complex initiates the autophagy response in atrophic muscle cells. Autophagy. 2019;15(9):1674–1676.

Di Rienzo M, Antonioli M, Fusco C, et al. Autophagy induction in atrophic muscle cells requires ULK1 activation by TRIM32 through unanchored K63-linked polyubiquitin chains. Science Adv. 2019;5(5):eaau8857.

Villella VR, Venerando A, Cozza G, et al. A pathogenic role for cystic fibrosis transmembrane conductance regulator in celiac disease. EMBO J.2019;38(2):e100101.

Di Rita A, Peschiaroli A, D Acunzo P, et al. HUWE1 E3 ligase promotes PINK1/PARKIN-independent mitophagy by regulating AMBRA1 activation via IKKα. Nature Commun. 2018;9(1):3755.

Amelio I, Melino G. Similar Domains for Different Regulations of p53 Family. Structure. 2018;26(8):1047–1049.

Marini A, Rotblat B, Sbarrato T, et al. TAp73 contributes to the oxidative stress response by regulating protein synthesis.
Proc Natl Acad Sci U S A. 2018;115(24):6219–6224.

Melino G. Order must spring from chaos in Italian research. Nature. 2018;556(7702):436. doi:10.1038/d41586-018-04896-6

Sanarico AG, Ronchini C, Croce A, et al. The E3 ubiquitin ligase WWP1 sustains the growth of acute myeloid leukaemia. Leukemia. 2018;32(4):911–919.

D’Eletto M, Rossin F, Occhigrossi L, et al. Transglutaminase Type 2 Regulates ER-Mitochondria Contact Sites by Interacting with GRP75. Cell Rep. 2018;25(13):3573–3581.e4.

Rossin F, Villella VR, D’Eletto M, et al. TG2 regulates the heat-shock response by the post-translational modification of HSF1.
EMBO Rep. 2018;19(7):e45067.

Galluzzi L, Vitale I, Aaronson SA, et al. Molecular mechanisms of cell death: recommendations of the Nomenclature Committee on Cell Death 2018. Cell Death Differ. 2018;25(3):486–541.

Noto A, De Vitis C, Pisanu ME, et al. Stearoyl-CoA-desaturase 1 regulates lung cancer stemness via stabilization and nuclear localization of YAP/TAZ. Oncogene. 2017;36(32):4671–4672.

Raschellà G, Melino G, Malewicz M. New factors in mammalian DNA repair-the chromatin connection.
Oncogene. 2017;36(33):4673–4681.

Noto A, De Vitis C, Pisanu ME, et al. Stearoyl-CoA-desaturase 1 regulates lung cancer stemness via stabilization and nuclear localization of YAP/TAZ. Oncogene. 2017;36(32):4573–4584.

Rada M, Vasileva E, Lezina L, et al. Human EHMT2/G9a activates p53 through methylation-independent mechanism.
Oncogene. 2017;36(7):922–932.

Inoue S, Li WY, Tseng A, et al. Mutant IDH1 Downregulates ATM and Alters DNA Repair and Sensitivity to DNA Damage Independent of TET2. Cancer Cell. 2016;30(2):337–348.

Amelio I, Melino G. Damage limitation. Elife. 2016;5:e17394.

Chillemi G, Kehrloesser S, Bernassola F, et al. Structural Evolution and Dynamics of the p53 Proteins.
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Galluzzi L, Baehrecke EH, Ballabio A, et al. Molecular definitions of autophagy and related processes.
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Antonioli M, Di Rienzo M, Piacentini M, Fimia GM. Emerging Mechanisms in Initiating and Terminating Autophagy.
Trends Biochem Sci. 2017;42(1):28–41. doi:10.1016/j.tibs.2016.09.008

Faccenda D, Nakamura J, Gorini G, et al. Control of Mitochondrial Remodeling by the ATPase Inhibitory Factor 1 Unveils a Pro-survival Relay via OPA1. Cell Rep. 2017;18(8):1869–1883.

Klionsky DJ, Abdelmohsen K, Abe A, et al. Guidelines for the use and interpretation of assays for monitoring autophagy (3rd edition). Autophagy. 2016;12(1):1–222.

D’Abramo M, Bešker N, Desideri A, Levine AJ, Melino G, Chillemi G. The p53 tetramer shows an induced-fit interaction of the C-terminal domain with the DNA-binding domain. Oncogene. 2016;35(25):3272–3281.